1999年NBA選秀，肖恩·馬里昂在首輪第9順位被菲尼克斯太陽(yáng)隊(duì)選中。
1999年11月2日，太陽(yáng)客場(chǎng)挑戰(zhàn)掘金，肖恩·馬里昂完成NBA首秀，首發(fā)出場(chǎng)35分鐘，貢獻(xiàn)14分、14籃板、3助攻和2蓋帽。
1999-00賽季，肖恩·馬里昂入選最佳新秀陣容第二陣容。
2001年2月9日，肖恩·馬里昂入選全明星賽新秀對(duì)抗賽。
2001年2月14日，太陽(yáng)對(duì)陣森林狼，肖恩·馬里昂得到職業(yè)生涯新高的38分。
2001年2月26日，肖恩·馬里昂當(dāng)選西部周最佳球員。
2002年8月9日，太陽(yáng)隊(duì)和肖恩·馬里昂簽訂續(xù)約合同。合同為期6年價(jià)值7900萬(wàn)美元，其中2008夏球員選項(xiàng)。
2003年1月29日，肖恩·馬里昂入選2003年全明星正賽西部替補(bǔ)陣容。
2004年11月30日，肖恩·馬里昂當(dāng)選西部周最佳球員。
2004年12月21日，肖恩·馬里昂當(dāng)選西部周最佳球員。
2003-04賽季，肖恩·馬里昂由小前鋒改打大前鋒，平均上場(chǎng)38.8分鐘，幫助球隊(duì)取得常規(guī)賽62勝的戰(zhàn)績(jī)。
2005年2月9日，肖恩·馬里昂入選2005全明星賽西部替補(bǔ)陣容。
2005年5月19日，NBA官方公布了2004-05賽季最佳陣容名單，肖恩·馬里昂入選最佳陣容第三陣容。
2006年1月4日，肖恩·馬里昂當(dāng)選西部周最佳球員。
2006年2月10日，肖恩·馬里昂入選2006年全明星賽西部替補(bǔ)陣容。
2006年3月2日，肖恩·馬里昂當(dāng)選2月西部最佳球員。2月份，馬里昂打出9次兩雙，平均每場(chǎng)比賽得到24.2分13.9個(gè)籃板，投籃命中率達(dá)到53.8%，幫助太陽(yáng)隊(duì)取得了9勝1負(fù)的戰(zhàn)績(jī)。
2006年5月18日，NBA官方公布了2005-06賽季最佳陣容名單，肖恩·馬里昂入選最佳陣容第三陣容。
2005-06賽季，肖恩·馬里昂場(chǎng)均得到21.8分、11.8個(gè)籃板和1.69次蓋帽，60次兩雙，投籃命中率達(dá)到52.5%，以上數(shù)據(jù)均創(chuàng)職業(yè)生涯新高，是球隊(duì)的得分、籃板、搶斷、蓋帽王，并成為聯(lián)盟賽季唯一在得分、籃板、命中率、搶斷、蓋帽、上場(chǎng)時(shí)間均排名前20的球員。
2007年2月2日，肖恩·馬里昂入選2007年拉斯維加斯全明星賽西部替補(bǔ)陣容。
2006-07賽季，馬里昂幫助太陽(yáng)隊(duì)以61勝的戰(zhàn)績(jī)進(jìn)入季后賽。
2008年2月7日，肖恩·馬里昂被交易至邁阿密熱火隊(duì)。
2008年6月25日，肖恩·馬里昂選擇放棄執(zhí)行球員選項(xiàng)跳出合同，繼續(xù)留在熱火隊(duì)效力。2007-08賽季，馬里昂場(chǎng)均貢獻(xiàn)15分和10個(gè)籃板，因?yàn)楸巢颗f患和腳傷的原因缺席了熱火隊(duì)最后16場(chǎng)比賽。
2009年2月14日，肖恩·馬里昂被交易至多倫多猛龍隊(duì)。2008-09賽季，馬里昂代表熱火出戰(zhàn)42場(chǎng)比賽，平均上場(chǎng)36.1分鐘，得到12分和8.7個(gè)籃板，投籃命中率為48.2%。
2009年7月9日，達(dá)拉斯小牛隊(duì)通過(guò)四隊(duì)交易，先簽后換得到肖恩·馬里昂。馬里昂的合同為期5年價(jià)值3900萬(wàn)美元，其中2013夏球員選項(xiàng)。
2009-10賽季，肖恩·馬里昂代表小牛出戰(zhàn)75場(chǎng)常規(guī)賽，場(chǎng)均31.8分鐘可得12分和6.4個(gè)籃板。
2010年10月23日，小牛主場(chǎng)迎戰(zhàn)火箭，肖恩·馬里昂在比賽最后0.4秒空中接力完成絕殺，幫助小牛隊(duì)97-96逆轉(zhuǎn)戰(zhàn)勝
對(duì)手。
2011年4月14日，小牛主場(chǎng)迎戰(zhàn)黃蜂，肖恩·馬里昂成為聯(lián)盟史上第5位生涯總搶斷數(shù)達(dá)到1500次、總蓋帽數(shù)達(dá)到1000個(gè)的球員。
2011年5月24日，西部決賽第四場(chǎng)小牛對(duì)陣?yán)做?，肖?middot;馬里昂在常規(guī)時(shí)間第四節(jié)最后關(guān)鍵時(shí)刻將凱文·杜蘭特的出手蓋掉，將比賽拖入加時(shí)賽，并最終幫助球隊(duì)獲勝，拿下西部決賽的賽點(diǎn)。
2011年6月13日，總決賽第6戰(zhàn)，小牛105-95戰(zhàn)勝熱火，從而以4-2的比分獲得了球隊(duì)31年來(lái)首次總冠軍。
2011-12賽季，肖恩·馬里昂代表小牛出戰(zhàn)63場(chǎng)常規(guī)賽，場(chǎng)均30.5分鐘可得10.6分和7.4個(gè)籃板。
2012-13賽季，肖恩·馬里昂代表小牛出戰(zhàn)67場(chǎng)常規(guī)賽，場(chǎng)均30.0分鐘可得12.1分和7.8個(gè)籃板。
2013-14賽季，肖恩·馬里昂一共為小牛隊(duì)打了76場(chǎng)常規(guī)賽，場(chǎng)均交出10.4分6.5籃板的數(shù)據(jù)。
2014年9月10日，克里夫蘭騎士隊(duì)宣布正式簽下肖恩·馬里昂。
2014年12月27日，騎士客場(chǎng)挑戰(zhàn)魔術(shù)，肖恩·馬里昂職業(yè)生涯籃板總數(shù)達(dá)到10000個(gè)。
2014年12月29日，騎士主場(chǎng)迎戰(zhàn)活塞，肖恩·馬里昂成為NBA歷史上第一位生涯總得分超過(guò)15000分、總籃板數(shù)超過(guò)10000個(gè)、總蓋帽數(shù)超過(guò)1000個(gè)、命中三分球數(shù)達(dá)到500個(gè)球員。
