制片人的動作戰(zhàn)爭片《野戰(zhàn)排》。
1988年，與格倫·克洛斯聯(lián)袂出演根據(jù)法國書信體小說改編的愛情片《危險關(guān)系》，而他也因此憑借該片獲得第33屆意大利大衛(wèi)獎最佳外國男演員提名 。1990年，與德博拉·溫格聯(lián)合主演由貝納爾多·貝托魯奇執(zhí)導的文藝片《遮蔽的天空》。
1993年，約翰·馬爾科維奇與克林特·伊斯特伍德合作主演由沃爾夫?qū)?middot;彼得森執(zhí)導的驚悚片《火線狙擊》，扮演一名患有精神病的政治刺客，他則憑借該片獲得第66屆奧斯卡金像獎最佳男配角提名、第51屆美國金球獎電影類最佳男配角提名 。
1995年，與凱瑟琳·德納芙合作主演愛情片《愛欲修道院》。同年，與伊蓮娜·雅各布、蘇菲·瑪索聯(lián)袂主演改編自小說集《泰伯河上的保齡球道》的情色片《云上的日子》，在片中飾演一位旅行尋找創(chuàng)作靈感的電影導演 。
1997年，與尼古拉斯·凱奇、約翰·庫薩克聯(lián)合出演動作片《空中監(jiān)獄》，飾演綁票、搶劫、謀殺、勒索無惡不作的殘暴兇狠罪犯塞勒斯 。
1998年，出演由約翰·戴爾執(zhí)導的劇情片《賭王之王》 。同年，與萊昂納多·迪卡普里奧、杰瑞米·艾恩斯聯(lián)袂出演改編自法國作家大仲馬編著《達達尼昂三部曲》的動作冒險片《鐵面人》，在片中飾演支持埃拉密斯神父讓神秘囚犯菲利浦取代路易計劃的前國王侍衛(wèi)隊員阿薩斯 。
1999年，與約翰·丘薩克合作出演劇情片《成為約翰·馬爾科維奇》，約翰·馬爾科維奇在片中扮演他自己 。同年，與米拉·喬沃維奇合作主演歷史片《圣女貞德》，該片改編自法國民族英雄貞德的故事 。
2001年，與范·迪塞爾、巴里·佩珀聯(lián)合出演劇情片《黑幫第二代》 。同年，與米歇爾·皮寇利合作主演劇情片《我要回家》 。
2002年，執(zhí)導個人第一部電影《樓上的舞者》，該片由哈維爾·巴登、胡安·迭戈·波托、勞拉·莫瑞特聯(lián)袂主演，該片講述了在虛構(gòu)的拉美某國，一位花費12年的時間追蹤游擊隊領(lǐng)袖的警官巧遇美麗的芭蕾舞教師的故事 。同年，與雷·溫斯頓合作主演由莉莉安娜·卡瓦尼執(zhí)導的驚悚片《雷普利的游戲》。 2004年，與約翰尼·德普合作主演劇情片《浪蕩子》，飾演滿溢的才華和不羈性格的查爾斯二世 。2005年，與馬里莎·貝倫森、霍納爾·布萊克曼共同主演根據(jù)真實故事改編的喜劇片《成為庫布里克》 。
2006年4月，與愛德華·斯皮伊爾斯、杰瑞米·艾恩斯合作主演動作科幻片《龍騎士》 。同年，與索非亞·邁爾斯、馬特·基斯拉聯(lián)合出演喜劇片《藝校的秘密》 。
2007年，與雷·溫斯頓、安東尼·霍普金斯聯(lián)合主演動作奇幻片《貝奧武夫》。2008年1月，與托馬斯·簡搭檔出演動作片《變異編年史》，扮演大反派帝國首領(lǐng)。5月，與安吉麗娜·朱莉、加特林·格里菲斯聯(lián)袂出演改編自美國歷史上真實事件“雞舍謀殺案”的懸疑片《換子疑云》，飾演個人作風很怪異，說話很有趣，有思想有內(nèi)涵的牧師古斯塔夫·布里格勒布 。9月，與喬治·克魯尼、弗蘭西斯·麥克多蒙德聯(lián)合主演根據(jù)斯坦菲爾德·特納小說改編的喜劇片《閱后即焚》，飾演曾經(jīng)是“叱咤”中情局的特工奧斯伯恩·考克斯 。
2010年6月，與喬什·布洛林、梅根·?？怂孤?lián)合主演根據(jù)同名DC漫畫改編的動作西部片《西部英雄約拿·哈克斯》，飾演一位巫毒術(shù)士昆汀·特恩布爾。10月，與布魯斯·威利斯聯(lián)合主演改編自同名漫畫的動作片《赤焰戰(zhàn)場》，他則憑借該片獲得第37屆土星獎最佳男配角提名  。同年，與戴安·琳恩合作主演根據(jù)真實故事改編的動作喜劇片《一代驕馬》，飾演一名資深的馴馬師盧西恩.勞林  。
2011年，參演由邁克爾·貝執(zhí)導的科幻動作片《變形金剛3：月黑之時》。2012年，與凱瑟琳·德納芙、伊莎貝爾·于佩爾合作主演根據(jù)真實歷史事件改編的戰(zhàn)爭片《威靈頓之線》，飾演英軍將領(lǐng)威靈頓  。
2013年，與布魯斯·威利斯聯(lián)合主演由迪恩·派瑞薩特執(zhí)導的動作片《赤焰戰(zhàn)場2》。同年，與尼古拉斯·霍爾特、泰莉莎·帕爾墨聯(lián)合出演根據(jù)艾薩克·瑪麗恩出版的同名小說改編的喜劇片《溫暖的尸體》，飾演朱麗葉的父親杰治奧將軍 。此外， 還與彼得·斯特曼、艾莉諾·湯姆林森聯(lián)袂主演改編自俄國作家尼科萊·理寧自傳體小說的傳記片《西伯利亞教育》  。
2014年3月，與利亞姆·海姆斯沃斯、泰莉莎·帕爾墨聯(lián)合出演動作驚悚片《陡岸兇殺案》。5月，主演以海盜黑胡子為原型的冒險劇《海盜王國》 。11月，與湯姆·麥克格雷斯、克里斯·米勒共同為喜劇動畫冒險電影《馬達加斯加的企鵝》配音，配音的角色是擁有“人形”與“真身”兩種形態(tài)的戴夫 。
2015年11月23日，主演新片《一百年》，影片和人類未來有關(guān)，呈現(xiàn)了三種不同的未來圖景，一種是高科技的未來，一種是災(zāi)難過后返璞歸真的未來，還有一種是文明半崩潰后的未來。影片將在2115年上映，而在2114年會發(fā)布預(yù)告片 。 2016年7月15日，加盟動作喜劇《Supercon》出演重要的反派角色  ，同年，與馬克·沃爾伯格、吉娜·羅德里格茲聯(lián)袂出演根據(jù)2010年美國墨西哥灣原油泄漏事件改編的動作驚悚片《深海浩劫》，飾演英國石油公司代表維德林 。
2017年9月15日，約翰·馬爾科維奇參演的喜劇電影《婚禮搞轟趴》在美國上映，飾演女主角前任丈夫勞倫斯 ；22日，約翰·馬爾科維奇參演的動作電影《驚天解密》在中國上映 ；10月10日，加盟《鳥舍》在片中與桑德拉·布洛克一起“大戰(zhàn)外星人  。
2018年1月12日，加盟《極端邪惡》，出演法官Edward Cowart ，24日 ，客串電視劇《億萬 第三季》扮演俄羅斯億萬富翁 ，4月27日，參演的喜劇電影《超級漫展》在美國上映（Supercon）。5月24日，主演劇集《ABC謀殺案》飾演大偵探赫爾克里·波洛，6月開拍，共3集 。同年參演電影《El Tonto》 和《Arkansas》。
2019年1月，主演HBO迷你劇《年輕的教宗》第二季《新教宗》。5月，參演電影《The Line》。